Если организация уплачивает за сотрудника НДФЛ в связи с его неполным (неправомерным) удержанием, такой платеж не подлежит обложению НДФЛ. В остальных случаях при уплате компанией НДФЛ за сотрудника, у него возникает натуральный доход, а он в свою очередь облагается НДФЛ.