Бизнесу на УСН с доходами более 20 млн рублей в год предоставлено право выбора налоговой ставки для уплаты НДС. Базовая - 22% или пониженная 5%, 7%.
Организации и ИП, выбравшие и начавшие работу с пониженными налоговыми ставками НДС (5 или 7%), не применяют общие налоговые ставки — 0%, 10% и 22% (п.9 ст. 164 НК РФ).
То есть, если УСН-фирма работает с пониженной ставкой НДС в размере 5%, она не может выставлять отдельным покупателям счета-фактуры со ставкой НДС 22%. Даже если клиент настойчиво просит об этом.
Одновременно работать с пониженными и общими ставками НДС строго запрещено. Это допускается в исключительных в случаях, когда организация выступает в роли налогового агента по НДС.
Больше деталей по теме:
Когда на УСН можно выставлять счета-фактуры со специальными и общими ставками одновременно
Когда «упрощенцу», работающему по НДС-ставкам 5 и 7%, можно выставить счет-фактуру с НДС 22%

