Для удержания НДФЛ с натурального дохода действует ограничение

Согласно п. 4 ст. 226 НК РФ, бухгалтерия обязана удержать начисленную сумму НДФЛ непосредственно из доходов налогоплательщика при их фактической выплате.

Если доход выплачен в натуральной форме или получен в виде материальной выгоды, удержание НДФЛ производится за счет любых иных доходов, выплачиваемых в денежной форме. Базой налога является рыночная стоимость товаров, работ и услуг. Она рассчитывается с учетом НДС и акцизов. 

Ставка НДФЛ зависит от того, кто является получателем дохода (резидент или нерезидент) и от вида самого дохода.

• Для доходов в натуральной форме, таких как зарплата, подарки, дивиденды или превышающие норму суточные, применяются ставки 13% и 15% (прогрессивная шкала) (п. 1 ст. 224 НК РФ).
• С материальной выгоды налог удерживается по ставке 35%.
• Если заем предоставлен нерезиденту, ставка налога составит 30%.

На сумму, которую налоговый агент может удержать из денежных выплат в счет погашения НДФЛ с натурального дохода существует ограничение. Эта сумма не может превышать 50% от размера выплачиваемых денежных средств (п. 4 ст. 226 НК РФ).

Иными словами, при выплате дохода удержать сразу всю сумму НДФЛ, которую исчислили из натурального дохода, можно если удержания составляет не более 50 %.

В некоторых ситуациях компания не может удержать НДФЛ с натуральных доходов. К примеру, если сотрудник уволился или в пользу физлица не было денежных выплат. Неудержанный налог отражают в справке-приложении 6-НДФЛ. О чем уведомляют налоговую и работника.