Согласно п. 2 ст. 346.11 НК РФ компании, работающие на УСН, не признаются плательщиками НДС. Исключений из этого правила несколько. УСН компания обязана заплатить НДС:
Если она импортирует товары в Россию, налог платиться при ввозе товаров на таможенную территорию РФ (ст. 161 и 174.1 НК РФ).
В этих ситуациях необходимо платить НДС и сдавать налоговую декларацию.
Счета-фактуры обязаны оформляли компании, которые «работают с НДС» (п.3 ст. 169 НК РФ).
Упрощенцы не платят НДС, и обязанности оформлять счета-фактуры у них нет. Но, и запрета на оформление счетов-фактур тоже нет.
Бухгалтерия компании на УСН, если есть одобрение со стороны руководства и это согласовано с партнерами, может выставить счета-фактуры с выделением суммы НДС. В таком случае вся сумма налога, указанная в этом счете-фактуре, должна быть уплачена в бюджет (п. 5 ст.173 НК РФ).
Если продавец (подрядчик), работающий на УСН, выставляет в адрес заказчика только первичные учетные документы, с выделенной в них суммой НДС без счета-фактуры, обязанности по уплате НДС у продавца (подрядчика) не возникает.
Обязанность по уплате НДС в бюджет возлагается на продавца (подрядчика), применяющего УСН, только в том случае, если он выставил счета-фактуры с выделенным НДС.
Если в договоре стоимость реализуемых товаров (работ, услуг) указана с учетом НДС, при оплате в платежном поручении выделена сумма налога, но продавцом, применяющим УСН, не выставлен счет-фактура, обязанности по уплате НДС в бюджет нет.
Документы:
Письмо ФНС России от 26.05.2023 № СД-4-3/6648
Письмо Минфина России от 22.06.2018 № 03-07-11/42820
Обратите внимание, что уплата НДС организацией на УСН не делает ее налогоплательщиком НДС. Это значит, что она не вправе заявлять никакие налоговые вычеты по НДС.

Какие премии не облагают НДФЛ в 2026 году
Доплата за совмещение должностей по ТК РФ в 2026 году
Премия к 8 марта: как оформить, можно ли принять в расходы?
Как оплачивать больничный, если работник оформил его в середине рабочего дня?
Как продлевать отпуск, если в него вошли 23 февраля и 8 марта 2026 года?
