НДС при мультимодальных перевозках с использованием «ГосЛог»

Минфин подтвердил право на ставку НДС 0% для транспортно-экспедиционных услуг при организации международной мультимодальной перевозки, даже если ее этап по территории РФ оформляется через новую систему «ГосЛог».

Суть вопроса состояла в следующем. Экспедитор организует мультимодальную перевозку груза из-за границы в РФ, привлекая для этапа по России автомобильного перевозчика. С 1 сентября 2026 года вводится обязательный электронный документооборот в системе «ГосЛог», в рамках которого на внутрироссийский этап оформляется электронная транспортная накладная (ЭТрН) с пунктами отправления и назначения на территории РФ.

Компанию интересовало, сохраняется ли нулевая ставка, если в накладной «ГосЛога» указаны только российские пункты, и как подтверждать льготу в новых условиях?

Минфин в ответ напомнил общие нормы НК РФ. Нулевая ставка применяется к услугам по международной перевозке, если пункт отправления или назначения находится за пределами РФ (пп. 2.1 п. 1 ст. 164 НК РФ). Льгота распространяется на транспортно-экспедиционные услуги при организации такой перевозки. Нулевая ставка не применяется, если перевозчик или экспедитор осуществляет перевозку только между пунктами в РФ и не указан в транспортных документах, подтверждающих ввоз/вывоз товара, в качестве одного из перевозчиков.

По данным отраслевых экспертов, с внедрением «ГосЛога» возникает технологический разрыв. Международные накладные (CMR) пока не интегрированы в «ГосЛог» в полной мере. На этапе по РФ перевозчик обязан оформить ЭТрН, которая для налоговой будет выглядеть как обычная внутренняя перевозка, облагаемая НДС 22%. Это создает риски доначислений, даже если перевозка объективно является частью международной.

Таким образом, формально право на нулевую ставку сохраняется при наличии документов, подтверждающих международный характер перевозки (п. 3.1 ст. 165 НК РФ), независимо от того, что в «ГосЛоге» оформлена внутренняя накладная. Однако для применения льготы важно, чтобы компания была указана в едином международном транспортном документе (например, CMR или коносаменте) как перевозчик или экспедитор на всем маршруте.

Источник - письмо Минфина РФ от 24.06.2026 № 03-07-08/53661.