Льготы по НДС для медорганизаций на УСН

Минфин разъяснил порядок применения льготной ставки по налогу на добавленную стоимость (НДС) для организаций на упрощенной системе налогообложения (УСН), оказывающих медицинские услуги. 

Поводом для разъяснений стал запрос ООО, имеющего лицензию на медицинскую деятельность. Компания применяет УСН с объектом «доходы минус расходы» и с 1 января 2025 года уплачивает НДС по ставке 5%. При этом организация использует льготу по подпункту 2 пункта 2 статьи 149 Налогового кодекса (освобождение от налогообложения) в отношении косметологических и иных медицинских услуг.

В перечень оказываемых услуг входят: медицинский массаж, сестринское дело в косметологии, физиотерапия, акушерство и гинекология (кроме ВРТ и абортов), дерматовенерология, косметология, ультразвуковая диагностика. Основной вид деятельности — 86.22 «Общая врачебная практика». 

В своем чиновники напомнили основное правило: если налогоплательщик на УСН (в том числе исчисляющий НДС по ставке 5%) совершает операции, которые освобождаются от налогообложения в соответствии со статьей 149 НК РФ (в частности, медицинские услуги по подпункту 2 пункта 2), то такие операции не облагаются НДС. 

Таким образом, клиникам на УСН, применяющим ставку 5%, необходимо разделять учет: льготируемые медицинские услуги освобождаются от НДС, в то время как остальные облагаемые операции (если они не подпадают под освобождение) могут облагаться по ставке 5%. Организациям рекомендуется проверять наличие лицензии и соответствие услуг утвержденному Перечню для применения освобождения. 

Источник - письмо Минфина РФ от 20 января 2026 г. № 03-07-07/2866.