Могут ли «сколковцы» заменить одну налоговую льготу на другую?

ФНС разъяснила порядок налогообложения для IT-компаний, лишившихся льготы «Сколково».

Поводом для разъяснений послужила следующая ситуация: на начало 2024 года компания соответствовала критериям для применения сразу двух льготных ставок 0% — как резидент «Сколково» и как аккредитованная IT-организация. Компания выбрала первую из перечисленных льгот, однако в течение 2024 года ее совокупная прибыль  превысила установленный лимит в 300 млн рублей. Это автоматически лишило ее права на льготу по «Сколково».

Региональная налоговая служба обратилась в центр с вопросом: может ли такая компания, потеряв одну льготу,  применить другую — а именно ставку 0% для IT-компаний — с первого дня 2024 года?

В своем ответе ФНС дала однозначный отрицательный ответ. Ведомство пояснило, что для «сколковцев» Налоговым кодексом установлен специальный порядок. В том периоде, когда их доход превысил 300 млн рублей, вся прибыль подлежит налогообложению по общей ставке 20%. При этом начисляются пени за несвоевременную уплату авансовых платежей.

Таким образом, по мнению ФНС, переход на льготу для IT-сферы с начала года невозможен. Компания обязана пересчитать налог на прибыль по общей ставке с даты, когда был превышен лимит, и доплатить его в бюджет с учетом пеней.

Источник - письмо ФНС РФ от 20.10.2025 № СД-4-3/9400@.