Освобождение от НДС по статье 149 НК РФ не зависит от доли в общей выручке

НДС не облагается реализация услуг в сфере образования, оказываемых НКО  по основным и (или) дополнительным образовательным программам, предусмотренным лицензией, за исключением консультационных услуг, а также услуг по сдаче в аренду помещений (пп. 14 п. 2 ст. 149 НК РФ).

Если компания, имеющая лицензию, оказывает образовательные услуги, они не будут облагаться НДС, даже если это не основной вид деятельности.

Это означает. Что если у организации есть дополнительный вид деятельности — услуги по профессиональному образованию (курсы), он  не будет облагаться НДС.

Источник: чат ФНС