При выкупе организацией акций НДФЛ платит их владелец

Российские организации, от которых или в результате отношений с которыми налогоплательщик получил доходы, обязаны исчислить, удержать у налогоплательщика и уплатить сумму налога на доходы физических лиц. Налоговый кодекс подразумевает конкретный перечень организаций, признаваемых налоговыми агентами при осуществлении операций с ценными бумагами и финансовыми инструментами срочных сделок, а также при осуществлении выплат по ценным бумагам (пп. 1-7 п. 2 ст. 226.1). Поскольку в этом перечне не перечислены организации, осуществляющие выкуп акций по требованию их владельцев в установленных законом случаях, такие организации налоговыми агентами не признаются. В этом случае обязанность по исчислению и уплате налога на доходы физических лиц возлагается на налогоплательщика.  
Письмо Минфина России от 4 апреля 2014 г. № 03-04-07/15250.