Несколько важных требований к раздельному учету НДС

Бухгалтерия организации, которая одновременно ведет деятельность, облагаемую и не облагаемую НДС, обязана организовать раздельный учет. Это главное условие для применения НДС-вычетов по облагаемой налогом деятельности.

ИФНС не снимет вычеты только при условии, что раздельный учет ведется правильно, дает четкое преставление об оборотах по видам деятельности и НДС-вычетам, не противоречит первичке. В противном случае, весь входной НДС по товарам, используемым в двух типах операций, будет восстановлен, из-за этого появится недоимка по НДС, на которую будут начислены пени и штрафы.

Порядок раздельного учета должен быть прописан в учетной политике. Правил, по которым нужно вести раздельный учет НДС, в НК РФ нет. Каждая компания описывает их самостоятельно. Но несколько ключевых требование все же можно назвать, опираясь на постановление АС Волго-Вятского округа от 24.10.2025 № Ф01-3188/2025 по делу № А79-4264/2022:

• раздельный учет должен вестись в специальных налоговых регистрах, где фиксируется входной НДС, относящийся к облагаемым и необлагаемым операциям;
• сведения, отраженные в налоговых регистрах, не должны противоречить сведениям первичных документов и данным бухгалтерского учета;
• отказаться от регистров и использовать для раздельного учета исключительно первичные и иные документы нельзя.

Итак, необходимо:

• раздельно отражать выручку на счете 90,
• фиксировать выручку в оборотно-сальдовых ведомостях,
• правильно заполнять счета-фактуры и книги продаж,
• правильно заполнить декларацию по НДС,
• разграничивать суммы входного налога на счете 19.