С точки зрения главы 21 НК РФ деньги, полученные в качестве возмещения ущерба, не облагаются НДС. Эти суммы не являются платой за проданные товары, выполненные работы или оказанные услуги. Они не связаны с вашей обычной коммерческой деятельностью. Следовательно, не включаются в налоговую базу по налогу.
Такой вывод подтверждается системным толкованием нескольких статей НК РФ: 146, 162, 39.
НДС –налог на добавленную стоимость, которая возникает при реализации товаров, работ, услуг.
Когда компания получает компенсацию, она ничего не реализует, а просто восстанавливает свои потери.
Федеральная налоговая служба также придерживается этой же точки зрения. В своем письме от 11.01.2016 № СД-4-3/24@ ФНС прямо указывает, что суммы возмещения ущерба не включаются в налоговую базу по НДС.
Но, если налоговая инспекция обнаружит, что имущество выбыло (например, было списано), и вы бухгалтерия не сможет доказать, что это произошло по причинам, не зависящим от воли компании (например, из-за кражи, пожара, стихийного бедствия), ситуация может измениться. В таком случае налоговики могут расценить выбытие как реализацию (даже если она была безвозмездной) и начислить НДС по правилам статьи 154 НК РФ.

