Раздельный учет НДС в целях применения вычетов НДС нужно вести в специальных налоговых регистрах.
Постановление АС Волго-Вятского округа от 24 октября 2025 г. № Ф01-3188/2025 по делу № А79-4264/2022.
Если организация ведет деятельность, облагаемую и не облагаемую НДС, то для по облагаемой деятельности она имеет право на вычеты, если организован раздельный учет.
Раздельный учет нужен для того, чтобы правильно определять налоговую базу по НДС (п. 1 ст. 153 НК РФ). Он заключается в раздельном отражении выручки на счете 90, фиксации ее в оборотно-сальдовых ведомостях, правильном заполнении счетов-фактур и книги продаж, в декларации по НДС, а также разграничении сумм входного налога на счете 19.
Таким образом, раздельный учет должен вестись в специальных налоговых регистрах.
Данные, отражаемые в регистрах, должны соответствовать сведениям первичных документов и данным бухгалтерского учета.
Но использовать для раздельного учета исключительно первичные и иные документы нельзя. Иначе в налоговых вычетах откажут.

