Работодатель обязан вести учет времени, фактически отработанного каждым работником.
В табеле нужно указывать время, которое фактически отработал работник, за дни и за месяц (фактические затраты рабочего времени). Отражают количество дней (часов) неявок (явок), а также количество часов по видам переработок (замещение, работа в праздничные дни, работа в ночное время и другие виды) с записью их в соответствующие графы.
При совмещении профессий (должностей) в табеле учета рабочего времени отметки о работе по совмещению не производятся, так как работник выполняет обязанности по дополнительной работе в течение рабочего времени по основной работе.
Таким образом, в табель заносится время только по основной работе.
Если доплата за совмещение установлена в зависимости от отработанного при совмещении времени, то учет времени по совмещению ведется отдельно, по формам, разработанным организацией.
Так разъяснил Роструд России на сайте Онлайнинспекция.рф.

