Установление разной продолжительности смен допустимо - Роструд

В подобных случаях необходимо, чтобы при этом соблюдались требования о недопустимости превышения нормального числа рабочих часов за учетный период. Учетный период в каждой организации устанавливается правилами внутреннего трудового распорядка.

В случае если продолжительность фактической работы за учетный период превысит нормальную продолжительность, такая работа должна быть учтена как сверхурочная.

Такие разъяснения привел Роструд на своем сайте, отвечая на вопросы работников и работодателей.