Вправе ли ФНС проводить повторные налоговые проверки?

Суть дела

Общество с ограниченной ответственностью «Нефтегазстрой» оспорило решение УФНС по Республике Башкортостан от 27 мая 2024 года о назначении повторной выездной налоговой проверки, а также действия по ее проведению.

ФНС провела повторную проверку деятельности ООО за тот же период (2021 год), что и первичная, по итогам которой налогоплательщик уже уплатил доначисленные суммы (НДС в размере 34,7 млн рублей). В ходе этого контрольного мероприятия налоговики снова выявили нарушения, в результате чего компании доначислили уже 477,7 млн рублей по НДС и налогу на прибыль.

ООО обжаловало решение о доначислениях, ссылаясь на отсутствие оснований для повторной проверки. В своей жалобе компания, среди прочего, отметила, что первичную проверку фактически проводило не нижестоящее звено (Межрайонная ИФНС № 29), а само УФНС (более 50% проверяющих были его сотрудниками, они же координировали процесс).

Решения судов

Суды первой, апелляционной и кассационной инстанций поддержали заявителя, признав решение УФНС незаконным.

Однако Верховный Суд РФ не согласился с выводами нижестоящих инстанций и отменил все принятые по делу судебные акты.

Он указал, что п. 10 ст. 89 Налогового кодекса РФ позволяет вышестоящему органу проводить повторную проверку в порядке контроля за деятельностью нижестоящего налогового органа.

Тот факт, что УФНС активно участвовало в первой проверке (направляло поручения, запрашивало документы, координировало ход), сам по себе не является препятствием для назначения повторной проверки и не нарушает прав налогоплательщика. Закон не содержит такого запрета.

Суды ошибочно признали незаконным само решение о назначении проверки, тогда как по существу компания может защищать свои права, оспаривая итоговое решение, принятое по результатам этой повторной проверки.

Выводы

Активное участие вышестоящего налогового органа в первичной проверке не лишает его права провести повторный контроль за тот же период. Значение имеет соблюдение формальных критериев статьи 89 НК РФ, а не распределение ролей между инспекцией и управлением на первом этапе.

В подобных случаях налогоплательщик  не сможет заблокировать проверку на стадии ее назначения, однако за ним сохраняется право оспорить саму сумму доначислений по итогам всех контрольных мероприятий.

Источник - определение Верховного Суда Российской Федерации от 18.03.2026 № 309-ЭС25-9697 по делу № А07-18520/2024.

Бухгалтерия.ру