Ситуация приведена в письме ФНС России от 21.06.2024 № КЧ-4-9/7026@ «Обзор правовых позиций, сформированных ФНС России по результатам рассмотрения жалоб (апелляционных жалоб) налогоплательщиков за 1 квартал 2024 года», пункт 1.3.
Суть жалобы сводится к тому, что ИФНС по результатам выездной налоговой проверки приняла решение о привлечении налогоплательщика к ответственности от 23.01.2023. Компания самостоятельно, до вступления в силу решения ИФНС, а точнее 16.02.2024, уплатила недоимку и подала заявление о зачете денежных средств с положительного сальдо ЕНС. Но, все равно на недоимку по решению от 23.01.2023 были начислены пени.
Еще по теме:
По какой ставке начисляют пени по налогам в 2024 году
В 2024 году вернулись к общему порядку начисления пеней по налогам
Расчет пеней на недоимку начинается со дня ее учета на ЕНС (абз. 1 п. 6 ст. 11.3 НК РФ). Сама же недоимка по налогам учитывается в совокупной налоговой обязанности на ЕНС со дня вступления в силу решения ИФНС о привлечении к ответственности за налоговое правонарушение (подп.9 п. 5 ст. 11.3 НК РФ). Важно это путать.
Бухгалтерия компании может «погасить» недоплату, не дожидаясь решения налоговой, то есть еще до вступления в силу решения ИФНС о привлечении к ответственности (п. 9 ст. 101 НК РФ). И такой подход будет правильным. Он поможет избежать лишних трат.
Если у организации есть переплата, чтобы ее направить на исполнение решения ИФНС, нужно подать в налоговую заявление о распоряжении путем зачета, предусмотренное абз.3 п. 4 ст. 78 НК РФ. Зачет учитывается в совокупной обязанности со дня, следующего за днем представления заявления (абз. 3 п.6 ст. 11.3 НК РФ).
Начисление пеней на недоимку по не вступившему в силу решению при добровольной уплате налога является правомерным.

Доплата за ненормированный рабочий день входит в МРОТ
Реорганизация – не основание для увольнения главбуха
Какие данные берут налоговики для расчета НДС по средней выручке
Свидетель вправе отказаться от дачи ФНС показаний против самого себя
Работодатель сами обязан получать сведения об инвалидности работника
