Ответ на этот вопрос Минфин дал в письме от 19.03.24 № 03-07-11/24203.
Выставлять счета-фактуры обязаны компании, который работают с НДС на основании п.3 ст.169 НК РФ.
Организации и ИП на упрощенной системы налогообложения, при реализации товаров (работ, услуг) счета-фактуры покупателям не выставляют. Но, если такая фирма выставит покупателю счета-фактуру с выделенным налогом на добавленную стоимость, его необходимо уплатить в бюджет в полном объеме.
Вывод, который следует из письма Минфина РФ от 19.03.24 № 03-07-11/24203, если продавец, работая на УСН, выставил в адрес покупателя счет-фактуру (в том числе авансовый) именно на продавца налагается обязанность по уплате НДС в бюджет. Помимо уплаты налога, нужно будет сдать налоговую декларацию по НДС (п.5 ст. 174 НК РФ).
Если упрощенец заплатил НДС, это на дает ему права на вычет
Если такой счет-фактура не выставлялся, то фирма на УСН не должна платить НДС. Даже в том случае, если покупатель выделил сумму НДС в платежном поручении.
Новое с 2025 года:
Новые лимиты для работы на УСН и уплата НДС с 2025 года
Два варианта уплаты НДС с 2025 года для компании и ИП на УСН

Доплата за ненормированный рабочий день входит в МРОТ
Реорганизация – не основание для увольнения главбуха
Какие данные берут налоговики для расчета НДС по средней выручке
Свидетель вправе отказаться от дачи ФНС показаний против самого себя
Работодатель сами обязан получать сведения об инвалидности работника
