Восстановление НДС по причинам, не связанным с реализацией

Ответ

Сразу скажем, что позиция налоговых органов предусматривает восстановление НДС. Выбытие имущества по причинам, не связанным с реализацией (например, в вашей ситуации — это  кража), не облагается НДС. Поэтому суммы налога, принятые к вычету, подлежат восстановлению и уплате в бюджет (п. 3 ст. 170 НК РФ, письмо Минфина России от 20 июля 2009 г. № 03-03-06/1/480). Сделать это нужно в том периоде, в котором имущество списывается, так как оно больше не может участвовать в налогооблагаемой деятельности. При этом НДС по основным средствам восстанавливается в части, пропорциональной их остаточной стоимости (письма Минфина России от 29 января 2009 г. № 03-07-11/22, от 15 мая 2008 г. № 03-07-11/194, УФНС России по г. Москве от 25 ноября 2009 г. № 16-15/123920.1).
Однако с чиновниками можно поспорить, ведь перечень случаев восстановления НДС является закрытым, и данная ситуация в нем не поименована (подп. 2 п. 3 ст. 170 НК РФ). В поддержку выступили  суды, которые признавали, что недостача товара, обнаруженная в ходе инвентаризации имущества, или хищение товара не относятся к случаям, перечисленным в статье 170 Налогового кодекса, а значит, разъяснение о восстановлении НДС в случае недостачи признается незаконным  (решение ВАС РФ от 23 октября 2006 г. № 10652/06, постановление ФАС Московского округа от 13 января 2009 г. № КА-А40/12259-08 по делу № А40-1983/08-115-7).
Как видим, чиновники в своем мнении единогласны, а решить проблему поможет только суд, который в большинстве случаев поддерживает организации.