Согласно НК РФ, как только получили предоплату, в течение 5 календарных дней нужно выставить счет-фактуру. Авансовые счета-фактуры нужны всегда, даже если оплата и отгрузка случились почти одновременно. Этой позиции придерживается ФНС.
В свою очередь., Минфин, неоднократно отмечал, если предоплата и отгрузка произошли в одном налоговом периоде, и между ними прошло не более 5 дней, то авансовый счет-фактуру можно не выставлять. Но, если предоплата пришла в конце одного налогового периода, а отгрузка, хоть и в течение 5 дней, но уже в следующем, то счет-фактуру на аванс необходимо выставить.
Есть случае, когда счет-фактуру можно оформить только на отгрузку.
Если аванс получен, и отгрузка произойдет в том же квартале, достаточно оформить счет-фактуру только на отгрузку:
Если же в текущем квартале была только частичная отгрузка, то счет-фактуру нужно выставить на ту часть аванса, которая еще не закрыта отгрузкой.
Все остальные плательщики НДС, включая тех, кто на УСН, но применяет общие ставки НДС, должны выставлять авансовые счета-фактуры и уплачивать НДС с аванса, даже если оплата и отгрузка произошли в одном периоде.

