НДС при ж/д перевозках с помощью организаций, применяющих УСН

Минфин РФ дало официальное разъяснение по вопросу применения ставки налога на добавленную стоимость (НДС) в цепочке оказания услуг с использованием железнодорожного подвижного состава. В ведомстве подтвердили, что в определенных ситуациях железнодорожные перевозчики обязаны применять общую ставку НДС в 20%, даже если их контрагент на упрощенной системе налогообложения (УСН) использует пониженные ставки 5% или 7%.

Поводом для разъяснений стал вступивший с 1 января 2025 года порядок, согласно которому многие «упрощенцы» с доходом свыше 60 млн рублей за предыдущий год стали плательщиками НДС. Такие организации могут применять пониженные ставки 5% или 7% (п. 8 ст. 164 НК РФ).

Однако в Налоговом кодексе существует особое правило для железнодорожного транспорта. Согласно пункту 5.1 статьи 161 НК РФ, российский железнодорожный перевозчик, действующий по посредническому договору (поручения, комиссии или агентскому) в интересах другого лица, признается налоговым агентом по НДС при оказании услуг по предоставлению подвижного состава или контейнеров.

Пункт 9 статьи 164 НК РФ прямо запрещает применять пониженные ставки 5% или 7% при осуществлении операций, перечисленных в статье 161 НК РФ, где фигурирует обязанность налогового агента.

Следовательно, если железнодорожный перевозчик выступает налоговым агентом по сделке, основанной на посредническом договоре с организацией на УСН (использующей ставку 5% или 7%), то именно перевозчик-агент обязан исчислить и уплатить в бюджет НДС по общей ставке 20% с суммы своего вознаграждения или иной соответствующей базы.

Источник – письмо Минфина РФ от 03.12.2025 № 03-07-08/117275.