Пятилетнее ограничение перехода на нулевую ставку медучреждениями не применяется при несвоевременном подтверждении льготы

Если медицинская организация собирается применять нулевую ставку по налогу на прибыль, но по итогам налогового периода не предоставила необходимые данные для подтверждения этого права, использовать льготу она не сможет, однако это не является основанием для пятилетнего ограничения вновь переходить на нулевую ставку. Письмо ФНС России от 2 декабря 2014 г. № ГД-4-3/24930 @.

Данное разъяснение касается не только медицинских учреждений, но и образовательных, поскольку льготная нулевая ставка по налогу на прибыль статьей 284.1 Налогового кодекса устанавливается и для тех, и для других.
Право на нулевую ставку налога на прибыль имеют организации, отвечающие требованиям пункта 3 указанной статьи, а именно:

1) наличие лицензии;
2) уровень доходов за налоговый период от осуществления образовательной или медицинской деятельности и от выполнения НИОКР составляет не менее 90 процентов (или вообще не имеет доходов, учитываемых при определении налоговой базы);
3) численность штатного сертифицированного медицинского персонала в общей численности работников непрерывно в течение налогового периода составляет не менее 50 процентов;
4) если в штате организации непрерывно в течение налогового периода числятся не менее 15 работников;
5) если организация не совершает в налоговом периоде операций с векселями и финансовыми инструментами срочных сделок.

Организации, изъявившие желание применять налоговую ставку 0 процентов, не позднее чем за один месяц до начала налогового периода, начиная с которого применяется налоговая ставка 0 процентов, подают в налоговый орган по месту своего нахождения заявление, копии лицензий на осуществление образовательной и (или) медицинской деятельности (п. 5 ст. 284.1 НК РФ). По итогам каждого налогового периода право на нулевую ставку нужно подтверждать, предоставляя в налоговую инспекцию сведения о доле доходов от осуществления соответствующей деятельности в общей сумме доходов, штате организации и численности персонала по установленной форме (п. 6 ст. 284.1 НК РФ).
Лишиться права на льготу  с пересчетом налога по общей ставке и начислением пеней за весь «льготный» период можно как при несоблюдении хотя бы одного из основных требований, изложенных в пункте 3 статьи 284.1 НК РФ, так и в случае несвоевременного предоставления необходимых итоговых сведений. Однако в первом случае организация лишается возможности вновь применять нулевую ставку сроком на пять лет (п. 8 ст. 284.1 НК РФ). В случае несвоевременного представления сведений по итогам налогового периода, в котором организация рассчитывала применить налоговую ставку 0 процентов, пятилетнее ограничение на повторное применение нулевой ставки не применяются.