Компании, совмещающие ЕНВД и УСН, не вправе уменьшить доход по "упрощенке" на всю сумму страховых взносов и пособий, если некоторые сотрудники занимаются таким видом работы, который подпадает под ЕНВД.
Как говорится в п. 7 ст. 346.26 НК, такие организации должны вести раздельный учет. Это касается и страховых взносов и затрат на пособия.
Об этом сообщил Минфин России в письме от 10.11.2011 N 03-11-06/2/157.

