Заявление о зачете переплаты по налогу нельзя подать в электронном виде. Такое мнение отражено в письме Минфина РФ от 11 октября 2011 № 03-02-08/109.
Так в письме сообщается, что Налоговым кодексом предусмотрены специальные положения о направлении в налоговые органы документов в электронном виде по телекоммуникационным каналам связи. Документы в электронном виде, заверенные электронной подписью, представляются в налоговые органы по телекоммуникационным каналам связи по форматам и в порядке, установленным соответствующим федеральным органом исполнительной власти.
Согласно подпункта 4 и подпункта 6 статьи 78 НК РФ зачет (возврат) суммы излишне уплаченного налога осуществляется на основании письменного заявления налогоплательщика по решению налогового органа.
Указанной статьей не предусмотрено представление налогоплательщиком в налоговый орган заявления в электронном виде по телекоммуникационным каналам связи.
Д. Начаркин, эксперт журнала «Нормативные акты», собственный корреспондент Бухгалтерия.ру

