Вправе ли ФНС проводить повторные налоговые проверки?
Суть дела
Общество с ограниченной ответственностью «Нефтегазстрой» оспорило решение УФНС по Республике Башкортостан от 27 мая 2024 года о назначении повторной выездной налоговой проверки, а также действия по ее проведению.
ФНС провела повторную проверку деятельности ООО за тот же период (2021 год), что и первичная, по итогам которой налогоплательщик уже уплатил доначисленные суммы (НДС в размере 34,7 млн рублей). В ходе этого контрольного мероприятия налоговики снова выявили нарушения, в результате чего компании доначислили уже 477,7 млн рублей по НДС и налогу на прибыль.
ООО обжаловало решение о доначислениях, ссылаясь на отсутствие оснований для повторной проверки. В своей жалобе компания, среди прочего, отметила, что первичную проверку фактически проводило не нижестоящее звено (Межрайонная ИФНС № 29), а само УФНС (более 50% проверяющих были его сотрудниками, они же координировали процесс).
Решения судов
Суды первой, апелляционной и кассационной инстанций поддержали заявителя, признав решение УФНС незаконным.
Однако Верховный Суд РФ не согласился с выводами нижестоящих инстанций и отменил все принятые по делу судебные акты.
Он указал, что п. 10 ст. 89 Налогового кодекса РФ позволяет вышестоящему органу проводить повторную проверку в порядке контроля за деятельностью нижестоящего налогового органа.
Тот факт, что УФНС активно участвовало в первой проверке (направляло поручения, запрашивало документы, координировало ход), сам по себе не является препятствием для назначения повторной проверки и не нарушает прав налогоплательщика. Закон не содержит такого запрета.
Суды ошибочно признали незаконным само решение о назначении проверки, тогда как по существу компания может защищать свои права, оспаривая итоговое решение, принятое по результатам этой повторной проверки.
Выводы
Активное участие вышестоящего налогового органа в первичной проверке не лишает его права провести повторный контроль за тот же период. Значение имеет соблюдение формальных критериев статьи 89 НК РФ, а не распределение ролей между инспекцией и управлением на первом этапе.
В подобных случаях налогоплательщик не сможет заблокировать проверку на стадии ее назначения, однако за ним сохраняется право оспорить саму сумму доначислений по итогам всех контрольных мероприятий.
Источник - определение Верховного Суда Российской Федерации от 18.03.2026 № 309-ЭС25-9697 по делу № А07-18520/2024.
Еще по теме:
Хранить документы по убыткам нужно независимо от налоговых проверок
ИФНС вправе запросить документы по контрагентам второго звена
ФНС должна доказать вину налогоплательщика
Источник материала