Вернуть налоговую переплату по истечении трех лет можно только через суд

Заявление о зачете или о возврате суммы излишне уплаченного налога может быть подано в инспекцию в течение трех лет со дня уплаты указанной суммы. Если компания узнала о переплате только после сверки, спустя три года, она может обратиться в суд.

Как разъяснил «Главбуху» Юрий Лермонтов, консультант Минфина России, в этом случае действуют общие правила исчисления срока давности (п. 1 ст. 200 ГК РФ). А именно, отсчет трех лет начинается со дня, когда компания  узнала или должна была узнать о факте излишне уплаченного налога. При этом инспекторы обязаны были сообщить организации как о самом факте, так и о сумме излишне уплаченного налога (п. 3 ст. 78 НК РФ).

Если никаких сведений из инспекции об излишне уплаченном НДС в компанию не поступало и в учете компании переплата также не числилась,  то логично отсчитывать три года именно с даты проведения сверки.