В электронные счета-фактуры тоже можно вносить дополнительные сведения

Электронные счета-фактуры можно дополнять необязательной информацией. При этом важно чтобы необязательные реквизиты не нарушали последовательность обязательных. 

Такие пояснения опубликовала ФНС России в письме от 17 июня 2013 года № ЕД-4-3/10769. 

Сотрудники налоговой инспекции обращают особое внимание на то, что в формате счета-фактуры предусмотрена возможность дополнения счета-фактуры отдельными реквизитами (сведениями), отражаемыми как построчно, так и в табличной части счета-фактуры.